Cynhyrchion

Mae dadansoddi digwyddiadau ffosfforyleiddiad proteome-gyfan yn dal i fod yn her ddadansoddol fawr oherwydd cymhlethdod enfawr rhwydweithiau ffosfforyleiddiad protein.Yn y gwaith hwn, rydym yn gwerthuso cyfatebolrwydd Lys-N, Lys-C, a trypsin o ran eu gallu i gyfrannu at ddadansoddiad byd-eang y ffosffoproteome.Defnyddiwyd fersiwn wedi'i mireinio o gyfnewid catation cryf-pH isel i wahanu peptidau N-derfynol asetylated, ffosfforyleiddio, a heb eu haddasu yn effeithlon.Gellid nodi cyfanswm o 5036 o ffosffopeptidau nad ydynt yn cael eu defnyddio gyda chyfradd darganfod ffug o <1% o 1 mg o brotein gan ddefnyddio cyfuniad o'r tri ensym.Datgelodd ein data fod y gorgyffwrdd rhwng y setiau data ffosffopeptid a gynhyrchwyd gyda gwahanol broteasau yn ymylol, tra canfuwyd bod y gorgyffwrdd rhwng dwy set ddata tryptig a gynhyrchwyd yn yr un modd o leiaf 4 gwaith yn uwch.Yn y modd hwn, roedd y defnydd cyfochrog o Lys-N a trypsin wedi galluogi cynnydd o 72% yn nifer y ffosffopeptidau a ganfuwyd o gymharu â thrypsin yn unig, tra bod arbrawf atgynhyrchu trypsin yn arwain at gynnydd o 25% yn unig.Felly, wrth ganolbwyntio ar ddata trypsin a Lys-N yn unig, fe wnaethom nodi 4671 o ffosffopeptidau nad oedd eu hangen.Dangosodd dadansoddiad pellach o’r safleoedd a ganfuwyd fod setiau data Lys-N a trypsin wedi’u cyfoethogi mewn motiffau ffosfforyleiddiad sylweddol wahanol, gan dystiolaethu ymhellach bod dulliau aml-broteas yn werthfawr iawn mewn dadansoddiadau ffosffoproteom.